Un microbiote. Un microbiote est défini lorsqu'un ensemble de micro-organismes vit dans un écosystème précis. Par exemple, nos intestins abritent leur propre microbiote. “On parle d'une grande diversité d'espèces (bactéries, champignons, etc.) auxquelles on peut ajouter les virus. Derrière cette grande diversité d'espèces se cache une grande diversité de fonctions, relativement centrales au fonctionnement des écosystèmes” explique Christophe Mougel.

Vient ensuite la question de la prévention. Olivier Geffard, directeur de recherche de l'unité RiverLy a pour mission la surveillance chimique des milieux aquatiques, “dans l'objectif de s'assurer du maintien de la santé des écosystèmes aquatiques”. Cette surveillance repose sur la mesure des taux de micropolluants (hydrocarbures, pesticides, etc.) sur certaines zones aquatiques, à l'aide de l'étude de l'intérieur des organismes vivants dans ces zones, qui concentrent les contaminants. “Cette approche du biologique permet une meilleure caractérisation de la contamination chimique de l'eau [par rapport à une analyse du taux de polluants dans un volume d'eau]”, explique Olivier Geffard.
Le département de Santé Animale de l'Institut, dirigé par Muriel Vayssier-Taussat, étudie les interactions entre la santé animale et humaine. “Pour préserver la santé de l'Homme, une des voies est de préserver la santé animale” explique-t-elle. Mais cette protection ne doit pas être menée n'importe comment. Ces dernières années, il a été observé que la résistance aux antibiotiques avait largement augmenté chez de nombreux animaux dû à un usage massif. Ceci contribue à l'apparition de nouveaux virus plus résistants et donc potentiellement plus facilement transmissibles à l'Homme. L'unité Génétique Animale et Biologie Intégrative, dirigée par Claire Rogel-Gaillard, se consacre à l'étude de la diversité génomique en élevage, et son lien avec les santés : “Comment sélectionner des animaux qui vont être en bonne santé [...] tout en limitant l'usage d'anti-infectieux et en réduisant l'empreinte environnementale ? Il y a en fait un lien assez fort entre la durabilité des systèmes d'élevage et la santé des Hommes et animaux de la Terre.” A l'aide de travaux sur la variabilité individuelle des réponses immunitaires (aux maladies et aux vaccins) sur les animaux d'élevage, Mme Rogel-Gaillard explique qu'il “n'existe pas d'animal complètement optimal dans toutes les conditions et dans tous les environnements [...]. Une génétique optimale dans un environnement peut ne pas être optimale dans un autre.” 
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